Nagaganap ang larong Alien Quarantine sa teritoryo ng isang lihim na laboratoryo kung saan isinasagawa ang mga eksperimento sa mga nahuli na alien na nilalang. Ang isa sa mga dayuhan ay nagawang makawala, pinalaya niya ang iba at nagsimula ang totoong kaguluhan sa laboratoryo. Ang bayani ng larong Alien Quarantine ay ipinadala sa reconnaissance, ngunit nahaharap sa isang mapanganib na kaaway. Kailangan niyang ibalik ang sistema ng seguridad para maiwasan ang pagpasok ng mga halimaw sa ibang sektor. Upang gawin ito, kailangan mong i-activate ang ilang mga aparato, paglipat at pagbaril, dodging alien na pag-atake.
