Sa larong Espesyal na Bayani, tutulungan mo ang isang bayani na may espesyal na katayuan na nagsasagawa ng mga lihim na misyon. Siya ay may upang labanan ang isang hindi pangkaraniwang kaaway - masasamang dayuhan na tumagos sa planeta lihim upang scout at kahit na makapinsala sa earthlings. Sa pagkakataong ito, ang mga hindi inanyayahang bisita ay nakita sa isa sa mga underground na inabandunang bunker. Tila napagpasyahan nilang mag-set up ng isang base doon at mula doon ay i-coordinate ang pagdating ng mga natitirang alien. Ito ay kinakailangan upang kitlin ang mga plano sa usbong at ang bayani set off upang makumpleto ang gawain. Tutulungan mo siyang makayanan ang mga dayuhan na halimaw at hindi mamatay sa kanyang sarili sa Espesyal na Bayani.
