Isang bagay na hindi kapani-paniwala ang nangyari, nagsimulang bumangon ang mga patay mula sa kanilang mga libingan at inatake ang mga nabubuhay sa Zombie Quell 3D. Ang hukbo ay ipinakalat upang labanan sila. Ang bayani ng laro ay isang conscript soldier. Natanggap niya ang gawain ng paglilinis ng teritoryong ipinagkatiwala sa kanya mula sa mga zombie. Kinakailangang maglibot dito, tumingin sa mga bahay at iba pang mga gusali upang hindi makaligtaan ang isang undead. Bilang karagdagan, kailangan mong harapin ang mga lumilitaw sa kalye. Mangolekta ng iba't ibang mga bonus upang ang bayani ay maaaring maglagay muli ng ammo, magpalit ng mga armas, taasan ang antas ng pagsasanay sa labanan at mapabuti ang kalusugan sa Zombie Quell 3D.
