Ang isang matapang na commando na walang alam na takot ay sasabak sa mga terorista sa larong Pixel Commando. Dumiretso siya sa lungga ng takot, kung saan nakatago ang mga militanteng base, upang sirain ang mga pormasyon ng bandido sa simula. Tulungan ang bayani, gaano man siya katapang, kailangan niyang lumaban nang mag-isa laban sa isang hukbo ng mga thug. Ngunit ang bayani ay hindi nawalan ng puso, siya ay masayang naglalakad sa kagubatan sa pagbaril sa mga militanteng lumilitaw sa linya ng apoy. Ang isang makapangyarihang boss ang huling sisirain ng iyong bayani sa Pixel Commando. Kontrolin siya nang deftly upang manatiling buhay at matagumpay na maabot ang dulo ng bawat antas.
