Isang bagyo ang humampas sa zoo at ito ay isang hindi pangkaraniwang elemento, ang pangalan nito ay Bubble Zoo. Natakpan ng ulap ng kanilang mga bula ang lahat ng mga enclosure, at nang ang mga bula ay tumaas sa langit, mayroong isang hayop sa loob ng bawat isa. Kailangan mong mabilis na i-save ang mga hayop bago sila lumipad malayo mula sa zoo. Mag-click sa tumataas na mga bula, ngunit huwag hawakan ang mga bomba upang hindi matapos ang larong Bubble Zoo. Mayroong siyamnapung character sa laro, sampu sa bawat biome. Ang bilang ng mga bomba ay unti-unting tataas, kaya dapat kang mag-ingat, ngunit kailangan mong kumilos nang mabilis upang ang mga bula ay hindi lumipad.
