Kamakailan lang, tahimik at mahinahon ang Mushroom Kingdom, wala man lang kumidnap kay Princess Peach. Sa isang banda, ito ay nakalulugod sa tubero na si Mario, at sa kabilang banda, ito ay nagpapahinga sa kanya. Maging ang kontrabida na si Bowser ay nagtatago. Sa larong Run Mario Run, nagpasya si Mario na magsimulang mag-jogging araw-araw upang manatiling fit at maging handa sa anumang posibleng mangyari. Nagulat si Bowser at agad niyang inilagay ang kanyang mga alipores sa lahat ng kalsada para sirain ang tubero. Tulungan ang bayani na mabilis na tumalon sa mga obstacle at maliliit na kontrabida sa Run Mario Run.
