Ang bayani ng larong Subway Runner 3D ay hindi nakuha ang huling tren sa subway at nagpasyang umuwi nang maglakad, ngunit kasama ang subway, nang hindi pumunta sa ibabaw. Napansin siya ng isang pulis na naka-duty at gusto siyang pigilan, dahil mahigpit na ipinagbabawal ang paglalakad sa riles ng metro kahit na hindi na tumatakbo ang mga tren. Ngunit hindi nito napigilan ang ating bayani; binilisan niya at tumakbo para paalisin ang pagtugis ng pulis. Tulungan siyang maiwasan ang mga obstacle, tumalon o gumapang sa ilalim ng mga ito. Ang pagkolekta ng mga barya at pagtakbo ay magiging kumikita para sa bayani sa Subway Runner 3D.
