Sa larong Math Mates 3D: Brain Quest makakahanap ka ng isang masayang aralin sa matematika at ito ay ituturo ng mga numero mismo, makulay na may mga binti at braso. Pumili ng alinman sa tatlong antas ng kahirapan, pagkatapos ay isang mathematical na operasyon: karagdagan, pagbabawas, paghahati at pagpaparami. Mayroon din itong magkahalong antas, kung saan ang isang halimbawa ay maaaring maglaman ng iba't ibang uri ng mga pagpapatakbong matematikal. Dapat i-type ang mga sagot sa keyboard sa puting window na matatagpuan sa ibabang kaliwang sulok. Hindi ka mapaparusahan para sa isang maling sagot, ipagpatuloy lang ang paglalaro ng Math Mates 3D: Brain Quest.
