Ang planeta sa Mind Games: Math Crosswords ay inatake mula sa kalawakan. Ang mga masasamang dayuhan ay gumamit ng mga mapanganib na sandata na sumusunog sa lahat ng nabubuhay na bagay sa ibabaw. Pagkatapos ang planeta ay namatay lamang, at ang mga dayuhan ay mahinahong sinisipsip ang lahat ng mga mapagkukunan mula dito. Nagawa ng mga earthlings na magtago sa ilalim ng lupa at humanap ng paraan para malabanan ang alien invasion. Nang umatras ang mga dayuhan, oras na upang ibalik ang planeta, na nagdusa ng malaking pinsala. Sumali sa pagpapanumbalik at para dito kailangan mong lutasin ang mga mathematical crossword sa pamamagitan ng pagpuno sa mga walang laman na cell ng mga numero sa Mind Games: Math Crosswords.