Ang masayang mundo ng Mario ay naghihintay sa iyo sa mga pagkakaiba sa plumber ng laro. Makakatagpo ka ng mga kilalang character: Princess Peach, Mario mismo, ang kanyang kapatid na si Luigi, ang kanyang dinosaur na kaibigan, ang kontrabida na si Bowser at ang kanyang mga minions. Ang kaharian ng kabute ay inaatake ng isang masamang bruha. Siya ay nagsumite ng isang spell, na lumilikha ng isang kahanay na mundo kung saan nakatira ang parehong mga bayani at lahat ng iba pa ay magkatulad. Dapat mong ibalik ang lahat sa nakaraang estado sa pamamagitan ng pagsasama ng parehong mga mundo at para dito kailangan mong makahanap ng limang pagkakaiba sa pagitan ng mga tuktok at ilalim na mga larawan sa mga pagkakaiba-iba ng plamber sa isang minuto.
