Ang isang matalinong unggoy na may mga darts ay bumalik sa laro Bloons Battles upang makipaglaban sa susunod na pagsalakay ng mga multi-colored na lobo. Tulungan ang unggoy sa bawat antas upang mabaril ang lahat ng mga lobo. Sa kasong ito, ang bilang ng mga darts ay limitado. Sa bawat antas, ang mga bola ay matatagpuan nang iba at magbabago ang kanilang bilang. Bilang karagdagan, maaari silang magtago sa likod ng mga bloke at, sa mga naturang kaso, kinakailangan na gumamit ng pagpasok ng mga espesyal na bola. Sa loob ng mga ito, matatagpuan ang mga arrow o bomba. Makakatulong ito upang matumbok ang mga layunin kahit na undercover sa mga laban sa Bloons.
