Ang iyong bayani sa Ninja Assassin ay isang mamamatay-tao na ninja at gagawin niya ang kanyang trabaho sa iyong tulong. Binubuo ito sa pagkawasak ng mga kasalukuyang naging kanyang mga kaaway. Sa katunayan, ang gawain ay upang linisin ang mga bodega. Ang isang malaking-scale na pag-atake ay inaasahan sa kanila na magnanakaw. Ang mga guwardya ay naglalakad sa paligid ng mga silid na may mga kahon, na nag-iilaw ng kanilang paraan gamit ang mga parol. Kung ang ninja ay nasa zone na naiilaw ng parol, makikita siya ng bantay at sasalakayin siya. Dapat kang mapili mula sa madilim na bahagi at agad na atake. Ang buong proseso ay tahimik upang ang iba pang mga guwardya ay hindi nag-iingat sa Ninja Assassin.
