Sa ikalawang bahagi ng laro ng Schooter Commandos 2, magpapatuloy kang tulungan ang mga commandos na magsagawa ng iba't ibang mga gawain sa buong mundo. Bago ka lumitaw sa screen kung saan ang iyong bayani na armado sa ngipin ay maaapektuhan ng iba't ibang uri ng armas. Ang iyong gawain ay upang matuklasan ang kaaway at sumali sa kanya. Ang pagpapaputok ng angkop mula sa mga baril at pagkahagis ng mga granada kakailanganin mong sirain ang lahat ng iyong mga kalaban. Natapos ito, makakatanggap ka ng mga baso sa laro ng Schooter Commandos 2, na maaari kang bumili ng isang bagong bala at armas para sa bayani.
