Sa ikalawang bahagi ng bagong online game germ killer 2, magpapatuloy kang tulungan ang iyong bayani na lumaban sa mga microbes. Bago ka sa screen ay makikita ang iyong bayani na tatakbo kasama ang lokasyon. Ang paglukso sa mga hadlang, traps at pagkabigo ang iyong karakter ay kailangang mangolekta ng mga barya na may isang pulang krus. Para sa kanilang pagpili, bibigyan ka ng mikrobyo 2 ng baso sa laro, at ang karakter ay makakakuha ng iba't ibang mga pagpapalakas. Ang pagkakaroon ng Met Microbes, kakailanganin mong sirain ang mga ito at para dito sa Game Germ Killer 2 ay nakakakuha din ng baso.
