Ang isang lihim na ahente na may kakayahang mag-clone ay dapat kumpletuhin ang isang serye ng mga misyon ngayon, at sa bagong online game na Super Cloner 3D kakailanganin mong tulungan siya dito. Sa harap mo sa screen makikita mo ang iyong bayani, na tumagos sa lihim na laboratoryo ng kalaban. Tumingin ng mabuti sa screen. Ang lugar ay pinapatrolya ng mga sundalo ng kaaway. Kailangan mong tulungan ang bayani na mapalapit sa isa sa kanila at lumikha ng isang clone sa pamamagitan ng pagsira nito. Sa ganitong paraan maaari kang magpatuloy sa tahimik na paggalaw sa paligid ng bagay, pagsira sa mga kaaway sa daan kung kinakailangan. Para dito bibigyan ka ng mga puntos sa larong Super Cloner 3D.
