Hindi lahat ng mga alagang hayop ay namumuhay nang maayos kasama ang kanilang mga may-ari, ngunit karamihan sa kanila ay kadalasang pinahihintulutan lamang ang masamang pagtrato, ngunit mayroon ding mga naglakas-loob na tumakbo at ang bayani ng larong Pet Runner ay isa sa kanila. Nagpasya siyang tumakas hangga't maaari mula sa lugar kung saan siya nakatira mahirap. Nang magkaroon ng pagkakataon, tumakbo na siya. Ngunit ang landas ay puno ng iba't ibang mga hadlang. Sa kabila ng katotohanan na ang bayani ay tumatakbo sa disyerto, hindi ito ganap na desyerto. Sa kalsada magkakaroon ng mga bato, cacti at iba pang mga hadlang na kailangan mong tumalon sa pamamagitan ng pagpindot sa pataas na arrow. Kung makatagpo ka ng mababang lumilipad na ibon, dapat kang bumaba sa pamamagitan ng pagpindot sa pababang arrow sa Pet Runner.