Patuloy ang mga pakikipagsapalaran ni Mario sa Super Mario Flash 2. ang kanyang nakaraang misyon upang iligtas si Princess Peach ay matagumpay, ngunit ang bayani ay hindi kailangang magpahinga nang matagal sa kanyang mga tagumpay. Muling dinukot ang kawawang prinsesa at sa pagkakataong ito ay ginawa ng dragon. Inilagay niya ang bihag sa tore at hinihiling ang kumpletong pagsusumite mula sa Kaharian ng Mushroom. Wala pang oras si Mario para magpahinga, muli siyang pumunta sa kalsada. Sa pagkakataong ito ay kailangan niyang harapin ang mas maraming mga kaaway, sila ay umaatake sa droves. Maging mabilis at maliksi habang tumatalon ka sa ulo ng iyong mga kaaway at sirain sila sa Super Mario Flash 2.
