Ang buhay sa Mushroom Kingdom ay muling ginulo ng pagkidnap kay Princess Peach. Hindi mapakali si Bowser at hindi makakaisip ng bago maliban sa pagkidnap sa prinsesa. Mario sa Super Mario Flash ay pupunta sa isang paglalakbay upang iligtas ang isang batang babae, hindi ito ang unang pagkakataon para sa kanya, at mayroon kang dahilan upang muling maging kalahok sa isang masayang pakikipagsapalaran. Gabayan si Mario sa mga platform, tumatalon sa masasamang mushroom at pagong. Hanapin ang malaking magic fly agaric na gagawing Super Mario ang tubero. Bilang karagdagan, maaari kang makahanap ng isang mahiwagang bulaklak sa mga platform, na magpapalakas din sa bayani at magbibigay sa kanya ng lakas sa Super Mario Flash.
