Matapos ang bayani ng larong Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak ay dumanas ng mga kamag-anak mula sa mga aksyon ng isang grupo ng mafia, nagsimula siyang makipagdigma at nagpasyang maghiganti. Para sa isang ninja, ito ay isang bagay ng karangalan. Kumpletuhin ang mga antas sa pamamagitan ng pagkumpleto ng mga gawain. Itatapon ng mga mafia bosses ang kanilang buong arsenal sa kanilang depensa. Bago ang susunod na pag-atake, dapat kang mag-isip at pumili ng mas angkop na uri ng armas. Ang ninja ay hindi na umaasa lamang sa kanyang kahusayan. Ang pagsira sa mafia ay mangangailangan ng mas seryosong diskarte. Ang bayani ay dapat tumakbo upang takpan. At pagkatapos ay naglalayon ka at awtomatikong kukunan ng ninja si Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak.
