Ang bayani ng larong Counter-Strike: Reboot ay kailangang makilahok sa labindalawang misyon sa tulong mo. Dahil ang nilalaman ay mahigpit na pinananatiling lihim, ang mga layunin ay ibubunyag habang tinatapos mo ang nakaraang misyon. Ang una ay tinatawag na Alpha at ang iyong gawain ay itaboy ang pag-atake ng mga terorista na gustong makuha ang iyong base. Sa iba pang mga misyon, kakailanganin mong magsagawa ng iba pang mga gawain, tulad ng: pagpapalaya sa mga bihag, pagsira sa mga base ng terorista, paglilinis ng mga minahan, at iba pa. Ang lahat ng mga misyon ay limitado sa oras, kailangan mong malutas ang mga problema nang mabilis at mahusay sa Counter-Strike: Reboot.
