Habang sinisiyasat ang isa pang kaso, ang bayani ng larong Mystery Subway Escape 2, ang detective na si Michael, ay nakahanap ng isang lihim na pasukan sa mga inabandunang istasyon ng subway. Ilang tao ang nakakaalam tungkol sa kanila. Hindi namin pinag-uusapan ang tungkol sa mga teknikal na lagusan, ngunit tungkol sa mga istasyon na dating nagpapatakbo, ngunit sa isang kadahilanan o iba pa ay naging sarado at hindi na-claim. May mga kagamitan, bagay at bagay na naiwan doon na hindi naitapon dahil baka may pakinabang pa. Doon maghahanap ng ebidensya ang ating bida, at pagkatapos ay isang daan palabas, dahil ang pinto kung saan siya pumasok ay ni-lock ng isang tao sa Mystery Subway Escape 2. Tila pinapanood siya ng mga ito at nagpasya na alisin ang maselang detective.
