Dinadala ng miniature pixel hero ang Micro Metroid sa isang paglalakbay sa isang Metrovania-style na micro-platform na mundo. Tulungan siyang dumaan sa mga mapanganib na lugar sa mga platform, at sila ay magiging mas marami. Mag-ingat sa mga gears at pumili ng mga lugar kung saan maaari kang tumalon sa platform at magpatuloy. Magkakaroon ng mga flag sa daan - ito ang mga checkpoint na magbibigay sa iyo ng lugar kung saan babalik ang bayani kung sumakay siya sa mga spike o mahulog sa isang platform sa Micro Metroid.
