Lumitaw ang mga Ninja sa medieval na Japan at nagsilbi bilang mga espiya, scout, at reconnaissance saboteur. Nakasuot sila ng maiitim na damit, nakatakip ang kanilang mga mukha at kadalasang nagpapatakbo sa gabi, tahimik na gumagalaw at tinatapos ang mga nakatalagang gawain. Lahat ng ninjas ay pinagkadalubhasaan ang sining ng ninjutsu. Sa esensya, ang mga ninja ay isang uri ng mandirigma na ginagamit sa mga espesyal na operasyon, tulad ng mga espesyal na pwersa ng Hapon. Ang bayani ng larong Ninja Speed Runner ay pinagkatiwalaan din ng isang lihim na misyon, kaya mabilis siyang kumilos. Ang mga Shurikens ay lumilipad patungo sa kanya, kung saan dapat siyang umiwas at tutulungan mo siya dito, na pinipilit ang bayani na tumalon o duck sa Ninja Speed Runner.
