Ang ninja ay nag-aral ng mahabang panahon at sa wakas ay dumating na ang oras upang gamitin ang kanyang kaalaman at kasanayan sa Dark Ninja Hanjo. Ipinaalam ni Sensei sa kanyang mag-aaral na handa na siyang magsimula ng isang malayang buhay, ngunit sa parehong oras, ang dating mag-aaral ay hiniling na magsagawa ng isang napakahalagang misyon upang maibalik ang lungsod. Ipapakita ng misyon kung gaano kahanda ang bayani. Ang lungsod ay natupok ng kadiliman; Maipapakita ng ninja kung ano ang kaya niya. Tumanggap ng mga tagubilin mula sa guro sa paunang yugto, sasamahan niya ang kanyang mag-aaral, ngunit pagkatapos ay kailangan mong kumilos nang mag-isa sa Dark Ninja Hanjo.
