Kadalasan, mas gusto ng mga ninja na mamuhay nang mag-isa upang hindi malagay sa panganib ang kanilang mga mahal sa buhay, ngunit hindi ito palaging gumagana sa ganoong paraan. Ang bawat tao ay may ilang uri ng mga kamag-anak o malapit na tao, at ang bayani ng larong Ninja Rescue ay may kasintahan. Ito ang ginamit ng mga kaaway ng bayani para ipanalo siya sa kanilang panig. Inagaw nila ang babae para maakit ang bida. Natural, pupunta siya upang iligtas ang kanyang minamahal, ngunit magugustuhan kaya ito ng kanyang mga kaaway, pagsisisihan ba nila ang kanilang mga ginawa? Tutulungan mo ang bayani na gumalaw nang mabilis at gumamit ng paglukso para itumba at sirain ang lahat ng itim na ninja. Mangolekta ng mga bakal na bituin at subukang huwag mahulog sa pagitan ng mga platform sa Ninja Rescue.
