Ang puwersa ng landing space sa Doom 2D ay ipinadala sa Mars, kung saan matatagpuan ang isang complex na pag-aari ng United Space Corporation. Ang lihim na pagsasaliksik sa Impiyerno ay naganap doon. Ang laboratoryo ay itinayo sa isang portal na minsang natuklasan at sinimulang pag-aralan ito ng mga siyentipiko at ang posibilidad na gamitin ito para sa kapakinabangan ng sangkatauhan. Sa huli, ang lahat ay hindi natuloy ayon sa plano. Umakyat ang mga demonyo sa portal at inatake ang mga kolonista. Dapat kunin ng paratrooper ang mga lihim na file ng pananaliksik sa mga hard drive at iligtas ang mga nananatiling buhay. Tulungan siya, kailangan niyang lumipat sa paligid, na nakikipaglaban sa mga demonyong nilalang sa Doom 2D.
