Sa simula ng larong Battle Monsters, makikita mo ang isang maliit na karakter na naghihintay sa finish line para sa isang malaking halimaw tulad ng Godzilla. Walang saysay na labanan siya bilang siya, ang higante ay dudurog sa iyong bayani sa isang maliit na daliri. Samakatuwid, kailangan mong makakuha ng lakas, mag-mutate at maging kasing laki ng halimaw, o mas mabuti pa, mas malaki pa. Upang gawin ito, kailangan mong mangolekta ng mga berdeng elemento at sa ilalim ng anumang pagkakataon ay kumuha ng puti at pula na mga kapsula. Iwasan ang mga hadlang, at kung imposibleng gawin ito, pagkatapos ay basagin ang mga ito. Sa linya ng pagtatapos, i-click ang iyong bayani upang martilyo niya ang halimaw hanggang sa lumipad ito sa malayo. At lilipat ka sa isang bagong antas sa Battle Monsters.
