Sa mundo ng mga may kulay na kahon, out of nowhere isang malaking halimaw ang lumitaw sa Boxes Chaser. Siya ay mukhang kakila-kilabot, na kumakatawan sa isang walang hugis na bangkay na may dose-dosenang masasamang mata na may iba't ibang laki. Ang mga kapus-palad na kahon ay hindi maaaring lumabas sa pagtatago upang maiwasang maging biktima ng halimaw. Sa sandaling may lumitaw sa landas, ang nilalang ay nagsimulang humabol hanggang sa ito ay makahabol. Gayunpaman, may kailangang gawin tungkol dito, at ang bayani ng larong Boxes Chaser ay nagpasya na patunayan ang kanyang sarili at magsagawa ng isang kabayanihan, na hinihikayat ang halimaw sa isang bitag. Tulungan siya, kailangan mong dumaan sa dalawampung antas, tumakas mula sa pagtugis at pagtagumpayan ang iba't ibang mga hadlang sa Boxes Chaser.
