Naghahanda si Plumber Mario para sa Halloween nang bigla siyang makatanggap ng mensahe mula sa Mushroom King na si Princess Peach ay inagaw muli ng masamang Bowser sa Super Mario Halloween. Si Mario ay labis na inis, ang kanyang pangunahing kaaway ay muling sinusubukang sirain ang kanyang bakasyon, at hindi ito maaaring payagan. Kaya kailangan mong mabilis na dumaan sa lahat ng mga antas at i-save ang prinsesa. Sumisid kasama si Mario sa unang pipe na may label na Tutorial at kumpletuhin ang antas ng tutorial. Kolektahin ang mga bituin, tumalon sa mga kaaway at lumipat patungo sa layunin kasama ang bayani. Ang bawat bagong antas ay magiging mas mahirap sa Super Mario Halloween.
