Ang mafia sa Japan ay tinatawag na Yakuza at isang napakaseryosong organisasyong kriminal na nagpapatakbo sa labas ng batas ayon sa sarili nitong mga patakaran. Kung may kailangan siya, kinukuha niya ito, anuman ang buhay at pangangailangan ng mga humahadlang sa kanila. Ipinakilala ka ng Samurai vs Yakuza sa isang samurai na gustong iligtas ang kanyang nayon. Nagustuhan siya ng mga bandido dahil sa sinaunang templo na matatagpuan sa kanyang teritoryo. Sa templong ito mayroong ilang mahahalagang pigurin, na gustong pagmamay-ari ng pinuno ng Yakuza. Ang aming bayani ay humarang sa daan ng isang buong hukbo ng mafia at, sa tulong mo, tatanggihan ang pag-atake ng mga magnanakaw na nakasuot ng itim sa Samurai vs Yakuza.
