Isang lalaking may super powers ng Spider-Man ang naglingkod sa foreign intelligence at naging isang espesyal na ahente tulad ni James Bond. Ngunit hindi niya kailangan ng sandata; Kung ano ang naglalabas ng web mula sa busog at sumasabit sa kalaban dito, na tuluyang nagpa-immobilize sa kanya. Sa Mutant Assassin 3D, tutulungan mo ang bayani na kumpletuhin ang mga misyon sa pamamagitan ng pag-aalis ng mga hindi gustong ahente ng kaaway. Ang mekanismo ng pagkawasak ay simple: layunin mo ang berdeng bilog sa susunod na pulang kontrabida at ilabas ang web. Nakabalot ito sa katawan at natalo ang kalaban. Sa parehong paraan, kailangan mong mangolekta ng mga tambak na pera, dapat silang kolektahin upang makumpleto ang antas sa Mutant Assassin 3D.
