Ang mga kriminal ay hindi palaging mas gusto na kumilos sa ilalim ng takip ng kadiliman; ang mga magnanakaw ay nagpapatakbo sa mga mataong lugar at higit sa lahat ay gusto nilang gawin ang kanilang mga masasamang gawain sa mga istasyon ng tren, mga istasyon ng bus, mga paliparan at, siyempre, sa subway. Hindi nagkataon lamang na sa gayong mga lugar ay may mga espesyal na departamento ng pulisya na inorganisa na nag-iimbestiga sa mga krimeng ginawa sa teritoryong ipinagkatiwala sa kanila. Ang mga bayani ng larong Subway Sleuth: Olivia at John ay mga detective. Kasama nila sisiyasatin mo ang isa pang pagnanakaw sa pinakaproblemadong istasyon ng metro. Tila umaakit ito ng mga magnanakaw at ang dami ng krimen dito ay dumadaan sa bubong. Oras na para wakasan ito sa pamamagitan ng pag-neutralize sa kriminal na gang na nasa likod ng lahat ng kalupitan sa Subway Sleuth.
