Dumating na ang Araw ng Paghuhukom at ang mundo ay nasa kaguluhan. Nakuha ng mga zombie ang lahat ng malalaking lungsod. Ang bawat isa na pinamamahalaang manatiling buhay na puro sa maliliit na lugar, nabakuran mula sa mundo na may mataas na bakod. Kakailanganin mong ipagtanggol ang isa sa mga lugar na ito sa Doomsday Zombie TD. Ang lahat ng mga tore ng bantay ay nasa ilalim ng iyong kontrol. Mula sa kung saan ang paghihimay ay isinasagawa at ang lugar ay iluminado. Kinokontrol ng bawat tore ang sarili nitong lugar at awtomatikong hinaharangan ang mga zombie na papalapit sa bakod. Ngunit ang problema ay ito. Na parami nang parami ang mga patay at baka hindi na makayanan ng tore. Samakatuwid, kailangan mong patuloy na i-upgrade ang mga ito. Upang gawin ito, mabilis na pagsamahin ang dalawang tore na may pantay na antas, ngunit huwag kalimutang agad na punan ang mga bakanteng espasyo, kung hindi, maaaring makapasok ang mga zombie sa Doomsday Zombie TD.
