Ang bayani ng larong Murder Case Clue 3D ay isang batang lalaki na nagngangalang Tom na mahilig sa mga kuwento ng tiktik. Nabasa na niya ang lahat ng mga gawa tungkol kay Sherlock Holmes at Hercule Poirot at alam na alam niya kung ano ang magiging kalagayan niya kapag siya ay lumaki. Matagal nang pinangarap ng lalaki na mag-imbestiga ng isang tunay na krimen. Pero sinong papayag, dahil teenager pa naman siya. Gayunpaman, ang buhay paminsan-minsan ay nagdudulot ng mga sorpresa. Nang imbitahan ng mga kaibigan ang batang lalaki na magpalipas ng katapusan ng linggo kasama nila sa isang bahay sa probinsya, wala siyang ideya kung paano ito matatapos. Pagdating sa tinukoy na address at paghahanap ng gustong bahay, nakita ng bayani na walang laman. Umalis ang lahat ng magkakaibigan para magbigay ng pahayag sa pulisya dahil may naganap na pagpatay sa bahay. Habang walang tao, nagpasya ang bata na imbestigahan ang insidente. Walang makakapigil sa kanya sa paghahanap ng ebidensya, at tutulong ka sa mabilis na pagtatatag ng katotohanan sa Murder Case Clue 3D.
