May pagkakataon si Sonic na harapin ang kanyang lumang kaaway na si Knuckles. Ang asul na hedgehog ay nakatanggap ng hindi inaasahang impormasyon tungkol sa lokasyon ng kanyang kalaban at nagnanais na pumunta doon. Kasama ang kanilang kaibigan at katulong na si Tails, ang mga bayani ay pupunta sa isla sakay ng eroplano. Pagkalapag, makakasalubong nila si Knuckles, ngunit mabilis itong mawawala. Dapat mong tulungan si Sonic at ang kanyang kaibigan na habulin ang kontrabida. Naglagay siya ng maraming mga bitag sa isla upang walang makahabol sa kanya, ngunit hindi mapigilan ang Sonic, at mahigpit mong kontrolin ang paggalaw ng bayani, na pinipigilan siyang tumakbo sa matalim na spike. Mangolekta ng mga singsing, palagi silang magiging kapaki-pakinabang sa bayani sa Sonic 3 & Knuckles.
