Ipasok ang dystopia ng Ganbatte!! Robochan, kung saan kailangan mong tulungan si Robo-chan na iligtas ang lungsod mula sa hukbo ng masasamang robot. Ang mga ito ay kinokontrol ng General Ironstrike, na gustong sakupin ang mundo at, sa simula, napuno ang lungsod ng ulap ng mga bot na may iba't ibang uri at uri, mula sa maliliit hanggang sa mga higante, lumilipad at tumatakbo. Si Dr. Hikari, sa pagtingin sa kaguluhang ito, ay lumikha ng isang robot na dapat magligtas sa lungsod at sa mundo sa isa. Ang siyentipiko ay walang kakayahang lumikha ng isang hukbo ng mga bot, ngunit umaasa siya na ang kanyang robot ay magiging mas matalino kaysa sa walang isip na mga piraso ng bakal at makakarating sa heneral upang ihinto ang masaker. Tutulungan mo ang robot na makumpleto ang misyon nito sa Ganbatte!! Robochan.
