Sa ikalawang bahagi ng larong Pandemic 2, ipagpapatuloy mo ang iyong misyon na sirain ang lahat ng sangkatauhan bilang isang nakamamatay na pandemya. Magsisimula ang laro sa pagpili mo ng uri ng sakit: virus, bacteria o parasito. Pagkatapos ay pipili ka ng panimulang punto para sa iyong impeksiyon. Mula roon ay kailangan mong ikalat ang iyong sakit sa ibang bahagi ng mundo. Sa pamamagitan ng pagkalat sa buong mundo, maaari mong pagbutihin ang iyong sakit at gawin ito upang ang mga tao ay hindi magdusa mula dito. Patuloy na baguhin ang iyong virus upang ang sangkatauhan ay hindi makabuo ng lunas para dito. Kaya unti-unti mong sisirain ang buong populasyon ng planeta sa larong Pandemic 2
