Ang tinatawag na lumilipad na isda ay umiiral, ngunit hindi sila pumailanglang sa himpapawid tulad ng mga ibon, ngunit maaari lamang tumalon mula sa tubig sa maikling panahon. Ang pangunahing tauhang babae ng larong Flappy Fish ay isang ordinaryong clown fish na nahahanap ang sarili sa isang mahirap na sitwasyon. Nagpasya siyang baguhin ang kanyang dowsing dahil ang kanyang tinitirhan bago ito ay naging mas malala. Ang tubig ay barado, ang mga halaman sa ilalim ng tubig ay hindi nabubuo, ang lahat ay namamatay at ang pagkain ay lalong mahirap hanapin. Pinilit nito ang mga isda na maghanap ng mas magandang buhay. Ngunit sa daan ay may mga kakila-kilabot na mga hadlang sa anyo ng mga angkla na may mga tanikala. Ang kaawa-awang bagay ay hindi pa nakakita ng ganito. Kailangan mong pumunta sa ganitong paraan sa pagitan ng matutulis na mga anchor at dapat mong tulungan ang mga isda sa Flappy Fish.
