Ang ninja ay kababalik lamang mula sa isang paglalakad at nagpasya na bisitahin ang kanyang katutubong monasteryo, kung saan siya nag-aral at ang kanyang paboritong guro, na nagbigay sa kanya ng isang malaking halaga ng kaalaman at nagturo sa kanya kung paano kontrolin ang kanyang katawan at espiritu. Natagpuan niya ang mga monghe sa kawalan ng pag-asa at matinding pagkabigo. Noong nakaraang araw, inatake ng pulang samurai ang monasteryo at nagnakaw ng koleksyon ng mga sinaunang bato na may mga rune. Ito ay mga sagradong bato na itinatago sa monasteryo sa loob ng maraming siglo. Ang ating bayani ay nanumpa na ibabalik ang lahat ng ninakaw at agad na umalis sa kanyang paglalakbay. Tulungan ang bayani sa Ninja Run na tuparin ang kanyang sagradong misyon. Ang ninja ay tatakbo, at tutulungan mo siyang tumalon sa mga hadlang at sa mga kaaway sa oras, pagkolekta ng mga bato.
