Sa ikalawang bahagi ng larong Ninja Hands 2, patuloy mong tutulungan ang iyong ninja war na labanan ang iba't ibang kalaban na gustong pumatay sa kanya. Ang iyong manlalaban ay makikita sa screen sa harap mo, na nasa isang tiyak na lokasyon. Ang kalaban ay magiging malayo sa kanya. Sa kanang sulok sa ibaba ay magkakaroon ng isang espesyal na panel na may mga icon. Sa pamamagitan ng pag-click sa mga ito, maaari mong pilitin ang bayani na magsagawa ng ilang mga aksyon. Kakailanganin mong atakihin ang iyong kalaban at gamitin ang iyong mga kasanayan sa pakikipaglaban upang sirain ang kalaban. Para dito, bibigyan ka ng mga puntos sa larong Ninja Hands 2.
