Maraming mga prototype ang nilikha sa Matrix, at ang isa sa kanila, bilang 09435, ay naging pinakamatagumpay. Ito ay isang digital na batang lalaki na nagsimulang bumuo sa isang kamangha-manghang paraan nang mabilis at sa lalong madaling panahon ay gusto niyang tuklasin ang labas ng mundo. Nakahanap siya ng paraan para umalis sa matrix at pumunta sa Prototype Guy. Nagpasya ang mga tagalikha na huwag makagambala sa lalaki, hinihiling nila sa iyo na tulungan siyang umangkop, pagtagumpayan ang mga hadlang. Ito ay kinakailangan upang tumalon sa mga matutulis na spike at parisukat na mga robot. Sa pamamagitan ng paraan, ang mga robot ay maaaring sirain sa pamamagitan ng paglukso nang direkta sa ibabaw ng mga ito. Kung ang balakid ay hindi nalampasan, ang bayani ay magsisimulang muli sa Prototype Guy.
