Tatlong ninja warriors ang kasali sa larong Gone Rogue. Si Black Kuro, na magaling maghagis ng shuriken, wala siyang kapantay dito. Ang pulang mandirigma na si Aka ay napakahusay sa paghawak ng espada kaya namangha ang lahat. Bilang karagdagan, ang espada ni Aki ay may mga mahiwagang kakayahan, maaari nitong pabagalin ang kaaway kung sasaktan siya nito. Ang green ninja Midori ay isang tactician. Mahusay siyang naglalagay ng mga bitag sa iba't ibang lugar upang tiyak na matitisod sa kanila ang kaaway. Lahat ng tatlong mandirigma ay lumitaw sa Gone Rogue para sa isang dahilan. Ipinadala sila ng Emperador upang harapin ng mga bayani ang kontrabida na si Uzuri, na ninanakawan ang isa sa pinakamalaking nayon sa imperyo. Kailangan mong sirain ang kalaban bago niya makolekta ang lahat ng mga produkto sa Gone Rogue.
