Ang mga prutas sa Fruit Ninja ay hindi nilalayong kainin bilang salad o katuwaan lamang. Ang isang bungkos ng mga prutas ay nakolekta ng bayani ng laro ng ninja, upang hindi mawala ang kanyang mga kasanayan sa isang tabak ng katana. Ang bayani ay nagtatrabaho bilang isang kusinero sa isang cafe, ilang taon na ang nakalilipas ay umalis siya sa kanyang sariling bansa hindi sa kanyang sariling malayang kalooban, ngunit nagtatago mula sa lokal na mafia. Ngunit ang mga kamay ng mafiosi ay mahaba at mahahanap nila siya anumang oras, na nangangahulugang kailangan mong maging handa at kailangan ang pagsasanay. At dahil walang mga espesyal na kagamitan sa palakasan, kakailanganin mong gumamit ng mga prutas. Ang katulong ay maghahagis ng mga pakwan, saging, mansanas, kiwi at iba pang prutas, at puputulin mo ang mga ito sa Fruit Ninja.
