Ang mala-negosyo at may tiwala sa sarili na bayani ng larong Ninja Frog Runner ay isang ninja frog. Ang pagkakaroon ng nakatali sa isang bendahe sa kanyang ulo, ang palaka imagines ang kanyang sarili invincible at ikaw ay makakatulong sa patunayan ito sa buong virtual na mundo. Upang gawin ito, kailangan mong pumunta sa lahat ng paraan, na pinapanatili sa loob ng limang minutong limitasyon. Ang bayani ay hahadlangan sa lahat ng posibleng paraan ng iba't ibang mga nilalang: masugid na fly agarics, isang abnormal na maiskapang pink na liyebre, at isang asul na loro na may malaking tuka ang susubukan na umatake mula sa itaas. At ito ay simula pa lamang. Bilang karagdagan, ang mga matalim na lagari ay umiikot sa mga platform, maraming mga hukay na may tubig o lava. Mangolekta ng mga berry, kabilang ang pagsira ng mga brown na bloke sa Ninja Frog Runner.
