Si Princess Peach ay na-kidnap muli, si Bowser ay hindi maaaring huminahon, at oras na upang magretiro, ngunit naroroon pa rin, bigyan siya ng kagandahan. Kailangang tumama si Mario sa kalsada, at hindi rin siya ang unang pagiging bago. Sa unang pagkakataon, pinagdudahan ng tubero ang kanyang mga kakayahan at nagpasya na anyayahan si Sonic na tumulong, alam kung paano siya makakatakbo ng mabilis at tumalon nang mataas. Pansamantala, habang dumating si Sonic, maaari mong kontrolin si Mario at tulungan siyang mangolekta ng mga barya at tumalon sa mga alipores ni Bowser. Pagkatapos ay maaari kang lumipat sa Sonic, ngunit kailangan niyang mangolekta ng mga singsing, ngunit ang parehong mga bayani ay may parehong layunin - upang i-save ang prinsesa sa Super Mario at Sonic.
