Maaaring mangyari ang apocalypse sa iba't ibang dahilan, sa larong Apocalypse Run tutulungan mo ang bayani na nasa gitna ng apocalypse na lumitaw bilang resulta ng pag-aalsa ng mga makina. Ang artipisyal na katalinuhan, na ang hitsura nito ay pinakahihintay at labis na hinahangaan para sa mabilis na pag-unlad nito, ay nagpasya na ngayon ay hindi na kailangan ng mga tao. Bukod dito, nakakapinsala pa nga sila, dahil ginagawa nila ang lahat ng mali, madalas na kumikilos nang hindi makatwiran, sinisira ang kapaligiran at pinapatay ang kanilang sariling uri. Isang malakas na paniniwala ang nabuo sa isipan ng makina na ang tao ang pangunahing kasamaan sa planeta at kailangang sirain. Kaya nagsimula ang sistematikong pagkawasak ng sangkatauhan, at ang bayani ng Apocalypse Run ay gustong iwasan ito at tutulungan mo siyang labanan ang mga robot.
