Ang pagtakbo ay isa rin sa pinakamahalagang uri ng pagsasanay sa maraming palakasan. Pinatataas nito ang tibay, na kinakailangan para sa pagsasagawa ng ilang mga ehersisyo. Gumagamit din ang Ninja ng pagtakbo, dahil kailangan nilang hindi lamang lumaban, kundi tumakbo at tumalon din. Sa larong Ginger Ninja Escape tutulungan mo ang bayani sa isang nakakatakot na suit na tumakbo hangga't maaari. Ang bayani ay maaaring tumalon upang ang gravity ay hindi isang hadlang sa kanya. Sa pamamagitan ng pag-click sa arrow sa ibabang kaliwang sulok o sa pataas na arrow key, gagawin mong tumalon ang bayani at tatakbo nang baligtad. Ito ay kinakailangan upang hindi matisod sa mga obstacle sa anyo ng mga circular circular saws sa Ginger Ninja Escape.
