Matapos ang hitsura ni Mario sa mga lugar ng paglalaro, ang lahat ng mga tubero ay sumigla at naging proud sa kanilang propesyon. Ngayon, ang bawat tubero ay nangangarap na maging katulad ng maalamat na karakter ng laro, at ang ating bayani sa Ninja Plumber ay walang pagbubukod. Mas marami siyang pagkakataon kaysa sa iba. Kung tutuusin, hindi siya simpleng tubero, kundi isang ninja. Ang bayani ay deftly climbs pipe at ito rin ay magiging madali upang tumalon at tumakbo kasama ang mga platform, pagkolekta ng mga barya. Bilang karagdagan sa mga barya, mag-ingat para sa mga espesyal na mushroom na maaaring lumitaw mula sa isang bloke na may iginuhit na tandang pananong. Ang mushroom na ito ay gagawa ng isang super hero mula sa isang bayani. Tumalon sa mga kaaway o magtapon ng mga shuriken sa kanila at lumipat sa dulo ng antas upang magpatuloy sa susunod sa Ninja Plumber.
