Nais patunayan ng ninja boy sa kanyang guro na handa siya sa mga seryosong hamon at maaari siyang pagkatiwalaan ng mga responsableng gawain. Sa larong Ninja Boy Flying, lihim siyang nagpunta sa isang mapanganib na lugar na tinitirhan ng mga magnanakaw at lahat ng uri ng kriminal na elemento. Ang bayani ay nagnanais na patakbuhin ito sa bilis, at kung saan ito ay kinakailangan upang pagtagumpayan malawak na obstacles, siya ay gagamit ng isang gliding flight. Tatakbo ang mga kalaban patungo sa iyo at maaari mong lundagan sila o alisin ang mga ito sa pamamagitan ng isang deft throw ng shuriken - isang steel star na may matutulis na mga gilid. Kailangan mong mabilis na tumugon sa mga hadlang at magpasya nang mas mabilis kung paano malalampasan ang mga ito sa Ninja Boy Flying.
