Isang matapang na ninja warrior ang pumasok sa isang sinaunang piitan. Ang ating bayani ay kailangang tuklasin ito at kolektahin ang lahat ng mga gintong magic coin. Ikaw sa laro Ninja Auto Run ay makakatulong sa kanya sa pakikipagsapalaran na ito. Bago ka sa screen makikita mo ang isa sa mga silid ng piitan. Ang iyong bayani ay tatakbo dito sa isang tiyak na bilis. Sa kanyang paraan, mga spike na lumalabas sa lupa, mga hadlang ng iba't ibang taas at iba pang mga bitag ay lilitaw. Kapag ang iyong bayani ay tumakbo sa mga panganib na ito, kailangan mong gawin silang tumalon. Sa ganitong paraan lilipad ang iyong ninja sa lahat ng mga panganib na ito. Sa daan, tulungan ang karakter na mangolekta ng mga gintong barya kung saan bibigyan ka ng mga puntos sa larong Ninja Auto Run.
